Сейчас PHPShop позволяет тремя путями соответствовать закону 54-ФЗ.

Первый путь - подключение к сервису АТОЛ ОНЛАЙН напрямую через модуль "Онлайн-касса Атол 1.0". После оплаты любой платежной системой и передачи платежной системой информации об успешной оплате срабатывает автоматическая генерация чека в онлайн-кассе и отправка чека по email или sms покупателю. Этот вариант наиболее универсальный и позволяет получать от онлайн-кассы всю фискальную информацию в карточке заказе панели управления магазина.

Доступен журнал обмена информацией с кассой и возможность оперативно проанализировать и принять меры по исправлению возможных проблем с генерацией чеков. Также модуль дает возможность выписывать чеки через дополнительные утилиты, такие как 1С-Касса и Монитор. Наличие поддержки закона 54-ФЗ со стороны платежной системы при использовании модуля не требуется. Требует оплату аренды онлайн-кассы порядка 30 000 руб. в год.

Второй путь - использование платежных систем с поддержкой 54-ФЗ, таких как Яндекс.Касса и Robokassa, позволяющих в момент оплаты передавать дополнительные данные по составу заказа в момент оплаты и дальнейшую передачу данных в ОФД (Оператор Фискальных Данных) и выписку чеков на стороне ОФД (АТОЛ ОНЛАЙН и другие). Требует оплаты аренды онлайн-кассы порядка 30 000 руб. в год.

Третий вариант - использование платежных систем NextPay и Robokassa, позволяющих принимать платежи без предоставления чеков путем перевода от физических лиц без открытия счета на счет продавца в виде безналичного расчета. Безналичный расчет не обязывает использовать онлан-кассу. Модуль приема оплат через NextPay так же включен в обновление.

Подробная инструкция по подключению в Учебнике.